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永靖餘三館陳家祖籍為廣東省潮州府饒平縣可塘埔鄉大榕社的客籍人士，據其族譜紀載，其所知之始祖，為陳木苑（生於元朝仁宗揆丑年，西元1313年），自閩地南遷入粵，則居於今廣東省潮州府饒平縣可塘埔鄉大榕社。陳木苑娶秦氏為妻，生子四人，二子即今陳家所知之二世祖─陳玉千，陳氏世代在饒平建置田園。第十世祖陳智可於康熙16年（西元1677年）出生於潮州府饒平縣大榕社故鄉。於康熙年間渡海來臺，根據史料推算年齡，當時陳智可公已三十八歲，來臺時間應早於康熙54年。 隨後定居於永靖一帶，至第十二世祖陳德耀擔任墾首而遂漸致富。
　　
陳家第十四世祖陳義方（道光7年-同治5年，西元1827年-西元1866年）於同治元年（西元1862年）率領鄉勇，協助清軍平定戴潮春之亂，受臺灣總兵曾玉明和福建兵備道丁日健的舉荐，因軍功而欽加五品頂載官銜。陳義方公育有二子，長子陳成鑑（有光）生於道光30年（西元1850年），次子陳成渥生於咸豐5年（西元1855年）。
　　
同治5年（西元1866年），陳義方公去逝，同治11年（西元1872年）第十五世祖陳有光興建祖堂，同治12年（西元1873年）陳有光捐納，獲得「貢元」的榮銜。此匾係由布政使司潘霨與按察使司葆亨等人為餘三館主人陳有光所立。
　　
光緒10年（西元1884年）陳有光計畫將舊有的房舍擴建，於南邊私地築數間茅屋，安頓原居於先世祖堂基址之房親於其內，便在祖堂基址大興土木，增廣就有之規模，以七年之時間蓋成三合院之大宅，至光緒17年（西元1891年）完成餘三館的建築。餘三館門前有門樓一座，其上即懸有光緒己丑年（西元1889年）間立之「餘三館」匾一幅。中以矮牆分大埕為內外。正廳祭祀自木苑公以下十四世之先祖，並命名為「創垂堂」，以感念先人「創立家業，垂留後世」之德意。而整座大宅喚作「餘三館」之意，乃紀念祖先創業維艱，此後蔭澤後代「多福、多壽、多子」之意。
　　
日治時期，北白川宮能久親王曾於餘三館內療傷靜養，因而於餘三館前田地，建造一座「北白川宮能久親王紀念碑」。戰後，由陳家將紀念碑拆毀，再闢水田耕種。民國74年（西元1985年）經指定為第三級古蹟，民國86年（西元1997年）<<文化資產保存法修法>>暨<<文化資產保存法施行細則>>修訂後指定為縣定古蹟，民國92年（西元2003年）6月完成餘三館的修復。