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府城之居民主要來自漳、泉二州，因此奉祀保生大帝之廟宇甚多，遠自荷蘭治臺時，漳泉人士便已建廟於廣儲東里，及至明鄭時期，鄭氏及諸將士皆漳、泉人，奉祀保生大帝之廟宇愈增，興濟宮即草創於此時。其廟或稱吳真人廟、保生大帝廟、大道公廟，通志則作慈濟宮。當地里民迄今仍習慣稱之為「頂大道公廟」， 以別於俗稱「下大道公廟」之良皇宮。
保生大帝之祖廟在中國有三個地方，分別為同安白礁慈濟宮、海澄青礁慈濟宮及花橋慈濟宮，臺南地區之保生大帝廟主要以白礁慈濟宮為祖廟，如學甲慈濟宮每年於農曆三月十一日舉行上白礁謁祖祭典，恭送保生大帝晉謁白礁祖廟即是一例。興濟宮亦以白礁為祖廟，故其正殿內之一楹聯即如是書：「興國庇民至今著靈赤嵌，濟生救世白昔蛻化白礁」。