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書院是近代國民教育普及之前的主要教育機構之一，對於開啟民智有著相當的重要性。台灣被納入清政府版圖之後，在歷任治台官員的主導與獎勵之下，逐漸將書院在台推展開來，這對於台灣文風有著重要的貢獻。
清代鳳山縣地區最早的書院是位於興隆庄舊城(今左營舊城)城北文廟左側的屏山書院，康熙49年(1710)由知縣宋永清興建，屬義學性質。雍正4年(1726)，知縣蕭震遷移至城內重建，始成書院規模。乾隆51年林爽文事件引發莊大田等攻毀舊城，屏山書院也在此次動亂終毀於一旦。乾隆53年(1788)間，欽差大臣福康安鑒於舊城殘破不堪，奏准將縣城遷移至下埤頭街(今鳳山區)，是為鳳山新城。此後，新城在地方政府和士紳的建設下，取代舊城而為政經和文教中心。鳳儀書院即為文教中心的具體象徵。
嘉慶19年(1814)吳性誠攝理鳳山知縣，鑒於縣治遷移至新城之後，卻遲遲未有文教組織，為了提振文風，乃向地方士紳倡建書院。候選訓導歲貢生張廷欽率先呼應，並獲得奮社的大力支持，總之，在地方官員與紳民共同籌得資金之下，由張廷欽負責整體的興建工程。書院落成時，奮社將歷年累積資產約四千餘元，捐充書院的膏火。緣此歷史背景，鳳儀書院初期的建築格局，前有講堂為主要授課空間，兩廂設學舍三，其中備有書桌供生童讀書，亦為歲、科童試所在；後有廳事，是為行政中心。除此之外，為感念奮社捐資，乃將文昌與奎星、倉聖等神位，一同合祀，並造敬字亭於講堂之左側。後來，幾任知縣和經理的士紳曾階段性擴建，至光緒20年(1894)間，鳳儀書院的規模共屋三十七間，正中廳事三間、左右官廳房各二間、兩廊學舍十二間、講堂三間、頭門五間、義倉九間、聖蹟庫一間，乃全台規模最大的書院。
日治時期，台灣總督府大力推廣新式教育體制，書院因而日漸沒落，屋舍逐年殘破。戰後，屋舍相繼被租佔戶所用，書院格局嚴重受破壞。民國74年(1985)11月13日指定為三級古蹟，而在高雄縣政府取得土地使用權後，便辦理佔住戶遷移，並於民國96年(2007)年發包整修，102年已完工，103年10月31日舉行開幕儀式，重啟門扉，103年11月1日正式開放參觀。