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西嶼彈藥本庫位於西嶼內垵東邊具有地形掩護之谷地，為支援西嶼諸多堡壘砲臺的重要後勤設施。其創設後陸續興建包括1900(明治33)年11月14日起工、1902(明治35)年2月9日竣工的舊西嶼火藥本庫；1902(明治35)年5月20日起工、同年12月20日竣工的舊西嶼彈丸本庫；以及因應1904(明治37)年、1905(明治38)年日俄戰爭之局勢所增建的舊西嶼臨時火藥庫。
舊西嶼臨時火藥庫的有煙火藥庫於1930(昭和5)年改建為土窟式，改稱清涼火藥庫，即現存之土窟式清涼彈藥庫；1936(昭和11)年另開鑿山腹興建洞窟彈藥庫，即現存之雙窟式洞窟彈藥庫。此外，無煙火藥庫亦於1935(昭和10)年改建為洞窟式，改稱清涼火藥庫，即現存之單窟式洞窟彈藥庫。