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新莊文昌帝君本供奉在慈祐宮做為配祀之神，嘉慶十八年（1813年）因慈祐宮年久傾頹，由時任知縣的曹汝霖發起興修，翌年完工後因尚有餘款，便在慈祐宮右側興建文昌廟，始將文昌帝君獨立奉祀。光緒元年（1875年）因地方有感於文昌祠面積狹小，諸多不便，故在傅端銓擔任艋舺縣丞時，將文昌祠由慈祐宮右側遷移至碧江街現址。光緒二十一年（1895年）台灣割讓予日本，文昌祠便在明治三十一年（1898年）間擔任教育場所，嗣後因日治期間政府推行皇民化政策，禁絕漢文教育，文昌祠東側廂房因而閒置，一段時間後作為日治時期台籍警察吳金連住所。光復後改由慈祐宮現任住持心悟法師家人進住，民國三十八年作為存放文物之用，至民國五十年代初期才將文物移出，不久後出借地方給明德幼兒園使用，民國七十六年（1987年）幼兒園遷出，此後由地方人士成立管理委員會負責管理。