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「縣定古蹟原二崙派出所」位於雲林縣二崙鄉，為日治初期臺中縣知事木下周一，於明治32年（1899年）10月25日以臺中縣告示第89號設立，隸屬於北港辨務署，時稱「二崙仔警察官吏派出所」 。之後隨地方官制的變動，曾經為「崙背支府」、「西螺支府」、「虎尾郡役所」所轄 。
目前本案所見之建築樣式，據當時報載，為大正15年（1926）10月時，與永定厝警察官吏派出所一同改建，故在本建築之屋架上所存之棟札，記載其上棟式舉行於大正15年11月10日。但正式完工落成的時間，則是在昭和2年（1927）3月 。 當時本派出所之管轄範圍，為臺南州虎尾郡二崙庄之二崙、惠來厝、田尾、三塊厝等。
戰後（1945年），臺灣改由中華民國政府接收，本所改稱「臺南縣警察局虎尾區警察所二崙派出所」。民國39年（1950年）9月因實施「臺灣省各縣市行政區域調整方案」，劃分出雲林縣，故本所又改隸稱「雲林縣警察局虎尾分局二崙派出所」。民國40年5月西螺分局成立後，本所又改隸於西螺分局轄下。後因二崙鄉無設置警察分局，依規定得設編制規模較派出所大之分駐所，故原二崙派出所於民國45年（1956）11月12日又改制為「二崙分駐所」迄今。
民國94年，經雲林縣古蹟及歷史建築審查會審查通過，於9月12日公告指定為縣定古蹟二崙分駐所。
在歷經長期使用後，本廳舍已漸感不敷使用，因此呈報核可後決議新建廳舍並搬遷至二崙鄉崙東村中興路3號。民國96年（2007年）元月17日動工，工程期限為300日曆天，同年11月15日舉行落成啟用典禮。

民國97年完成「雲林縣定古蹟二崙分駐所調查研究修復與再利用計畫」
民國101年2月進行「雲林縣縣定古蹟原二崙派出所修復及再利用工程」，民國101年12日工程函報竣工。