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咸豐十年（1860年）開港後，淡水港成為國際通商口岸，各種貨物的進出口不只使淡水成為全臺最大之貿易港，也因此吸引各國洋行也都到淡水設行貿易，並引進了西方的文化、貿易、資金、宗教和教育，正是此時期，同治十一年（1872年）馬偕博士（Rev George Leslie Mackay）也抵達淡水，並以此為其宣教、醫療和教育的根據地。
當時北部地區瘧疾肆虐、也有許多人患有腿膿瘡的病，馬偕便開始為這些民眾治療，效果顯著，名聲因此傳開，由於病患太多，遂於同治十二年（1873年）租下一間民房作為初期的醫館，光緒五年（1879年）三月購置新醫館的土地，並於同年九月開幕。光緒六年（1880年）正式將新建的醫館命名為「滬尾偕醫館」即是今日的「偕醫館」。
日治時期明治三十四年（1901年）馬偕逝世後，「偕醫館」暫停醫療工作達五年之久，直到明治三十九年（1906年）才重開門診，由宋雅各醫師（Dr. J. Y. Ferguson）主持「偕醫館」，為應付醫館的業務需求，醫療中心於大正元年（1912年）遷到臺灣行政中心的臺北巿，馬偕醫院移往臺北後，「偕醫館」遂交教士會管理，改名「福音社」，並創立基督教書房，供應聖經、聖詩和教會書刊，昭和六年（1931年）「偕醫館」做為神學院老師宿舍。昭和七年（1932年）淡水教會建「禧年教堂」時，「偕醫館」一度成為副堂。昭和十五年（1940年）贈與淡水教會。民國四十一年（1952年）偕叡廉夫婦向淡水教會承租「偕醫館」創立「查經室」，專門收容全臺失學而願追求信仰、研究聖經的人，「查經室」在偕叡廉逝世後，於民國五十七年（1968年）停辦。
爾後「偕醫館」即成為學生活動中心，並提供教會子弟人員住宿，改名「馬偕館」。 後方的房間及空地則做為重光幼稚園的教室，以及教會的聚會場所。
民國七十一年（1982年）保留正面「偕醫館」之建築物，將後方空地改建為「馬偕紀念大樓」。至最後一次整修完成後即做為教會的各種團契活動使用，並將醫館轉變為咖啡廳之用，現今偕醫館除了是咖啡館之外，亦改為多功能的使用空間。