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北港義民廟的成立，主要起於清領時期中南部兩件重大的抗官民變事件，其一發生於乾隆51年至53年（西元1786-1788年）的「林爽文事件」；其二為發生於清咸豐、同治年間（西元1862-1863年）的「戴潮春事件」。乾隆51年冬，林爽文會合天地會，以「反清復明」為號召，發動抗清民變，於攻克彰化之後，轉兵南下，民變戰局擴延至沿海北港一帶，同時沿海一帶盜匪亦趁勢為亂，引發臺灣中南部地區社會劇烈動亂。當時（乾隆52年）北港地區為免於抗清兵勇與盜賊的侵擾，組成「義民團」（相傳有一百零八名壯丁勇士參與，並帶有一隻勇猛忠犬），然於多次戰役之後，終因陷於詭計全體罹難（當年五月三十日）其後福康安渡海平定亂事，乾隆五十三年此一抗清民變全部弭平，北港地區並獲清廷御頒「旌義」金匾，以表揚鄉勇助官禦亂的事蹟，同年六月北港仕紳倡議將義民遺骸合葬瓦棺，並建立「旌義亭」，明訂義民罹難之日為年度祭辰，以資奉祀。
同治元年（西元1862年）起事的「戴潮春事件」中，北港紳民義勇再度協助官方，除維護本地家鄉安全防務，更隨清軍赴嘉義退敵解圍。此事件平定之後，計有36名本地義勇死於戰役，於是合祀於乾隆53年所建之旌義亭中。同治2年（西元1863年）因黃玉琮敬獻石雕香爐，上書「義民公」字樣，於是「義民廟」之稱呼逐漸取代舊有之「旌義亭」。