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「龍鳳宮」的稱呼乃因廟內主祀「廣澤尊王」與「媽祖」（天上聖母）而得名，每年農曆三月二十三日與八月二十二日兩日設醮，為官澳與塘頭聚落共八個甲頭（祖厝甲、鋪頂甲、西甲、中甲、塘頭甲、寮甲、新厝甲、店仔口甲）所供奉。
官澳龍鳳宮所在地原為清代官澳天妃廟，亦是清代《金門誌》所提明代天后廟。為明神宗萬曆39年（1611）興建，是金門地區規模最大的媽祖廟。
龍鳳宮內供奉的廣澤尊王（俗稱大王）原供奉在店仔口甲海岸的「聖王公宮」，因海水侵蝕而坍塌，村民以原有建材在西甲新蓋「西宮」，民國38年（1949）為應軍需，「西宮」被拆，廣澤尊王則移駕「天妃廟」。故「龍鳳宮」之名起源，於民國38年（1949）原鳳山寺廣澤尊王遷入本宮後而得名。
根據龍鳳宮內落成誌上記載：「龍鳳宮坐乙向辛為吾金廟宇壯宏之一乃天上聖母開基而後廣澤尊王觀音佛暨諸神衹降臨於此至今己歷三百餘年神靈普佑德被群生是亦人人共仰崇拜之神殿也同人等鑒于年欠破漏倡議重修一紙風傳烈烈響應在鄉在外熱心捐献集腋成裘於64年修建後落經一段期間再修前落厝蓋全部更新以及畫棟雕樑刷漆美化至67年秋完成廟貌之一新」其廟宇修復金額在民眾熱心捐献下共慕集新台幣503,450元，龍鳳宮之修復格局、寸白、材料及工法仍遵古法，民國67年（1978）龍鳳宮重修，民國69年（1980）奠安落成。
龍鳳宮內於正殿及拜殿兩側之水墨壁畫，為期早期壁畫之代表，由林天助匠師所繪，壁畫呈現早期廟宇繪畫方式，極具工藝特色與藝術價值，為龍鳳宮中重要且不可或缺的建築元素之一。然因壁畫保存不易，又部分遭油汙燻黑，目前僅部分保留原貌，其餘皆以仿作呈現。
金門縣文化局於民國97年（2008）委託台北科技大學進行「金門縣縣定古蹟官澳龍鳳宮調查研究計畫」，民國98年（2009）由漢光建築師事務所進行「縣定古蹟官澳龍鳳宮修復工程委託規劃設計及監造案」，委託建華營造股份有限公司進行整體修復工程，民國101年（2012）竣工，完成官澳龍鳳宮之整體修復。