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相傳配天宮創建於1687年（清康熙二十六年）。據說有位東石半月庄人士：林馬，篤信媽祖，每年均遠赴外地的媽祖廟參拜，由於旅程十分艱辛，因此在這年自湄州迎回媽祖神像，以在家中祭拜。迎回神像的回程，林馬經過朴子溪南岸朴（樸）樹下的茶棚，便歇腳休息，而附近居民得知此事，商請停留幾天，讓民眾可以參拜媽祖，可是數日後，當林馬欲啟程返家，神像卻變得沉重無法移動，擲筊問卜之下，神明表示永遠鎮守在此，於是民眾隨即搭建小廟祭祀；剛好廟旁有棵樸仔樹，所以作為廟名，稱作「樸樹宮」。之後聚落以本宮為中心向外發展，故朴子舊稱「樸仔腳」，即是得名於此。
「樸樹宮」後來更名為「配天宮」，原因年代眾說紛紜，根據較可信的說法是：1865年（清同治四年）重修工程落成時，廟方董事將廟名取意「配享千秋馨香、功參天地造化」而更名。
配天宮由於香火鼎盛，歷年來修建不斷，最早是在1715年（清康熙五十四年）擴建中殿和拜殿，清乾隆、嘉慶乃至於清同治年間，約每隔半世紀即進行修建。乃至於1915年（日大正四年）的第四次修建，據信是由漳州名師陳應彬主持，採用「對場作」的方式，並首開日本官方補助臺灣廟宇修建之例。二戰後較大的變動有：1947年（民國三十六年）重修後殿、新建了鐘鼓樓；1975年至1977年（民國六十四至六十六年）興建香客大樓；1981年（民國七十年）改建東西廂房。
元宵節結花燈是配天宮百餘年來最具特色的慶典，起源也和王得祿將軍有關。相傳嘉慶皇帝曾敕賜王將軍，可自行在府內舉辦花燈盛典供年邁的兄嫂觀賞，後來王將軍將花燈移至配天宮，藉此祝賀媽祖，且供民眾欣賞，燈會便成為本宮的元宵節傳統。