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1823年（清道光三年）7月，一場大風雨將台江灣變「陸埔」，鹿耳門港被沖毀，安平則因海沙推移，港口反較前略深，臺南三郊僱工開闢運河，府城和安平大港之間仍有運河相通。而清代的港道從西區五條港通到安平北邊的四草湖，為殘餘的台江內海，當時大船都停泊在此，明末清初，坐船航渡台江內海，都在今永福路與民權路的大井頭登岸。
1858年（清咸豐八年）6月「英法天津條約」於臺南設置臺灣關為其一通商口岸，成為中國第13處之新式洋關，1865年（清同治四年）1月1日安平開關，為打狗海關支關，海關辦公地點設在安平港口畔，另設有海關書樓、海關銀號及外國領事館。通商後各國商船隨之而來，許多洋行沿著港道設立，建於安平港口附近連接五條港，洋商從鹽水溪口往舊運河通府城五條港進行貿易。
1895年（明治二十八年）10月28日，由日本接收安平開廳，1896年（明治二十九年）制定〈臺灣總督府稅關官制〉，在安平設置海關。1922年（大正十一年）開闢新運河計畫，1926年（大正十五年）3月安平港至永樂町間的新運河竣工，同年5月8日廳亦移轉及開廳「稅關安平支署」，然安平大港淤塞日益嚴重，1935年（昭和十年）開闢安平港新港口，並開通「安平運河」。
1945年（民國三十四年）12月1日二戰後，臺灣接收該海關建築物及土地，由臺南關稅務司公署使用與管理為「臺南支關辦公廳」。1991年（民國八十年）2月3日，海關機關名稱由原「海關總稅務司署」改為「財政部關稅總局」，原「臺南支關辦公廳」為「財政部關務署高雄關嘉南分關」即駐臺南辦公室，而「原台南運河海關」現存牆外仍留有二座「財政部高雄關界碑」可為歷史見證。