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日治時期，有鑑於清領時期開鑿的舊運河日漸淤淺，日大正11年（西元1922年）日人開始在頭鯤身、二鯤身之間挖運河，當時海關尚在安平；後來原供停泊海船的鹽水溪口亦漸淤淺，大船無法進入安平舊港，便於日昭和10年（西元1935年）開闢安平港，日昭和14年（西元1939年）起，船隻開始由安平進港直駛至現今中國城停泊，海關亦隨之遷到現今民生路、環河街口的運河轉角處。二戰後，這座運河邊的海關變成財政部高雄關，專司檢查進港船隻。目前仍由財政部高雄關稅局所管轄，現今為財政部高雄關稅局駐臺南辦公室，該建築物然使用中。