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開基靈祐宮主祀玄天上帝，俗稱上帝公、上帝爺或帝爺公，因規模小於本市民權路的北極殿(也叫大上帝廟)，所以稱為「小上帝廟」。
創建於鄭氏時期，位於當時府城鎮北坊赤嵌街後的開基靈祐宮，在清嘉慶2年(西元1797年)、清道光15年 (西元1835年)、清咸豐6年(西元1856年)都曾加以修繕。目前鑲嵌於前殿在側山牆上的是日大正3年(西元1914年)再次重修時，士紳合捐銀錢的「重修靈祐宮碑記」。開基靈祐宮，原本坐西北朝東南，日治時期日本人為了擴充其近鄰的明治公學校(今成功國小前身)校舍，於是將整座建築180度的轉向(將正殿反向遷移於三川門前)，成為今日坐東南朝西北的建築。直到民國74年（西元1985年）重建成今日的規模。而於民國93~94年（西元2004~2005年）「開基靈祐宮」再次修復成為現貌，於本次修復過程中在前殿後步口發現原為日治時間前步口的清水磚框、垂花、短柱目前已填塞磚塊之遺跡，是「開基靈祐宮」日治時期建築轉向的有力證據，這些歷史證據保留在現地進行展示。