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「屏東書院」為清嘉慶20年(1815)鳳山知縣吳性誠命歲貢生郭萃、林夢陽所建。建成之初因經費拮据，僅樹立本體而未加華彩，經劉蔭棠會請郭萃、劉瑞麟、蕭啟德、蕭啟元等協力勸捐，方添漆繪而使形制更加完備，再經接辦者戮力經營，並陸續購置租產，使營運經費不虞匱乏。據文獻記載，清光緒6年(1880)書院曾重修，該次工程係由鄭贊祿所主持。
日昭和12年(1937)屏東市推行市區改正，鑑於「屏東書院」與新設公園相衝且建築年久失修，市尹宗藤大陸為延續孔廟香火，乃有編列經費以進行移轉改築之計畫。二戰後，「屏東書院」因欠缺適當維護日漸殘破，囿於百廢待舉，經費抉据而無力進行，直至民國66年，方委請當時中興大學理工學院院長漢寶德先生研究修復。因漢氏認為孔廟應有其體制，遂將書院建築之廟堂前移4公尺，中堂改為大成殿，後殿改為崇聖祠，兩廂原有學舍則改為兩廡，並將正面圍牆左右二道側門改為圓形門洞。該修復工程自民國67年7月3日開工，於隔年9月28日完工，書院雖獲得維護，然其形制卻已更動。
日治初期殖民統治者為普及教育，引進新式學校，學院功能遂被取代。「屏東書院」因之改為孔廟，昔日盛況蕩然無存，僅餘春秋二季祭典活動。由於其所有基本財產被迫捐出予「阿猴公學校」作為獎助學金，導致無力修繕房舍，終而日漸傾頹。
屏東書院的座落一如大多數書院朝向南方，主體建築由山門、正殿(講堂)、後殿等三進所組成，二側有與正殿平齊配置的護龍(廂房)。書院山門為單開間構造，正後各設一對木柱，左右山牆外側各夾以垂直磚牆，整體屋頂之燕尾脊高低錯落，饒富趣味與特色，係台灣各書院中相當正式且精彩的案例。因應孔廟祭典活動之需求，增設類似月台之大片磚石鋪面，並拓寬通道。