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馬公地區舊稱媽宮，為澎湖極早發展的聚落，亦是澎湖軍事佈防的重心，於清領時期開始蓬勃發展，聚落與商業貿易相當繁盛，形成一市七街；清法戰爭後鑒於媽宮形勢散漫無城可守，因此光緒13年（1887）興築媽宮城作為防禦重心，周圍並設有砲臺以防衛；日治時期雖因應都市之發展需要而有兩次拆媽宮城垣，而媽宮城區西半部仍為重要軍事據點，城牆做為屏障可抵擋來自西側海面上的攻擊，有防禦之功能，因此未被拆除而保留下來持續沿用至今。
媽宮古城為清領時期最後一座興築的城，歷史雖然不及其他古城要長；然身為受清法戰爭影響而興築的城，且見證了數次重要戰役與都市聚落之發展，且是臺灣海上防禦的代表，與臺灣本島其他清領時期興築的城相較之下有其特殊性，是完全軍事考量優先而建城，由此可見其戰略位置與軍事價值之重要性。