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海印寺位於金門縣太武山頂峰「梅園」後方，石門關即其山門，為太武山十二奇之一。海印寺又稱太武巖寺，宋度宗咸淳年間（1265-1274）興建，明萬曆8年（1580）修建，萬曆28年（1600）再度重修。明永曆15年（1661）又再重修，原主祀通遠仙翁，今改奉祀觀音佛像。
通遠仙翁，宋初人，人稱白鬚公，姓氏已不可考；隱居於永春樂山，故又被稱為樂山王。他常常頭戴花草，攜帶葫蘆在村市之間邊走邊唱著：「好酒喫三杯，好花插一支，思量古今是，安樂是便宜」。其後相傳羽化成仙，而被封為通遠王。宋仁宗嘉佑年間（1056-1063），蔡忠惠為泉州守時，因為向其禱雨有驗，而請封為善利王，並加封廣福顯濟。金門太武山所以建祠奉祀通遠仙翁，有兩種說法。首先根據明代盧若騰的「太武寺碑記」記載：「舊傳山椒嘗有玉笏自天而降，宋咸淳中始建巖宇，祀通遠仙翁，事蹟詳郡邑志，浯人祀之，有禱輒應。」從文中可以得知，先是有神蹟顯現於金門的太武山，於是鄉民興建巖宇，奉祀當時泉屬各邑普遍信仰的通遠仙翁。其後又發生神諭擒賊之事，因而有萬曆八年之修建。根據《同安縣志》通遠仙翁傳中所記：「（咸淳年間）島居者始建祠祀之。祠西有倒影塔，夜每放火，舟人遙望以為指迷海道，祈風禱雨悉奇應。（明）萬曆間，邑獲劇賊，越獄而遁。知縣金枝，夢登太武山，遇神示賊處，乃恭渡海詣祠以禱，如夢指，果得賊，因捐金新其祠宇。」文中所言，同安知縣金枝捐助修建祠宇，便是指萬曆八年修建一事。不過在當時，海印寺仍是一座供奉道教神祇的祠宇。這由盧若騰所書的碑記中，便能夠明瞭。其後由於祠宇中的廟眾，於夜間見到觀音菩薩現身於其間，乃改奉祀觀音佛像，海印寺也就變成一座主祀佛像的佛寺，根據寺方所撰的《海印寺源考》，至遲在永曆15年（1661）的重修時，海印寺便已成為一佛寺，並更名為今之「海印寺」。
石門關為一座石楣、石柱帶半圓拱的小門，上有明人盧若騰所提橫額「海山第一」。文獻初見於「滄海紀遺」一書中詞翰之紀第九，太武巖十二奇誌與詠太武山十二奇。謂「以幽奇，則曰古石室、石門關」。其性質可能為寺方作為山中佛寺的自衛設施，而非官方用作軍事防禦建築。原來的石門關的範圍，應較今日現存為大，石牆也應更高更長，然於民國83年（1994）將門兩側之石牆拆除，為今日所見之樣貌。其後山的「古石室」則為海印寺最古老的建築遺址，深具歷史意義。